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Google Genomics: Qwik Start

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Google Genomics: Qwik Start

30 minutos 1 crédito

GSP143

Labs de autoaprendizaje de Google Cloud

Descripción general

Google Genomics ayuda a la comunidad de las ciencias naturales a organizar la información genómica mundial de modo que sea accesible y útil. Los avances en los macrodatos y el aprendizaje automático abrieron paso a un nuevo campo de "macrodatos genómicos". Los petabytes de estas secuencias biológicas (que rápidamente se convierten en exabytes) se utilizan para abordar algunos de los problemas más difíciles en el campo biomédico. Google Genomics es una API que forma parte de Google Cloud Platform y permite almacenar, procesar, explorar y compartir con facilidad grandes conjuntos de datos genómicos.

En este lab, usará Google Genomics para implementar el protocolo htsget y SAMtools. Ambos son métodos populares en el campo para analizar y acceder a archivos grandes de datos genómicos.

  • protocolo htsget: Accede a datos de variación y lectura en secuencia para provocar impactos a gran escala en el uso compartido de datos genómicos
  • SAMtools: Interactúa con los datos de secuenciación de alta capacidad de procesamiento

Debido a que estos se ejecutan en el servicio de contenedor de Docker, funcionan correctamente con Google Cloud Platform. En este lab, adquirirá experiencia práctica con ambos métodos y podrá analizar sus propias secuencias de genomas sin ayuda.

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  • El contenido se presenta de a poco para que pueda aprender a su propio ritmo.
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