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Google Genomics: Qwik Start

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Create a Cloud Storage Bucket

Run the Genomics Pipeline

Verify that the BAI file is generated

Clean up (delete the storage bucket)

Google Genomics: Qwik Start

30分 クレジット: 1

GSP143

Google Cloud セルフペース ラボ

概要

Google Genomics は、世界のゲノム情報の体系化を進め、情報の利用しやすさの向上に取り組んでいる生命科学コミュニティを支援しています。ビッグデータと機械学習の発展に伴い、「ゲノム ビッグデータ」と呼ばれる新しい分野が確立されました。扱われる生物配列データは、ペタバイトからエクサバイトへと急速に拡大しており、これまで生物医学の分野では対処が困難とされてきた課題に活用されています。Google Genomics は、Google Cloud Platform で使用できる API であり、膨大なゲノム データセットの保管、処理、解析、共有を容易に行えるようにするものです。

このラボでは、Google Genomics を使用して、大量のゲノム データファイルの利用や解析によく使用される htsget プロトコルSAMtools の両メソッドを実装します。

  • htsget プロトコル: 大規模なゲノムデータを共有する際の配列読み込みデータおよび変異データへのアクセスに効果を発揮します。
  • SAMtools: 高いスループットで配列データの入出力を行います。

これらは、コンテナ サービスである Docker 上で動作するため、Google Cloud Platform で、細かいメッシュ上に構成されます。このラボでは、両方のメソッドを実際に体験し、対象となるゲノム配列を解析します。

Qwiklabs に参加してこのラボの残りの部分や他のラボを確認しましょう。

  • Google Cloud Console への一時的なアクセス権を取得します。
  • 初心者レベルから上級者レベルまで 200 を超えるラボが用意されています。
  • ご自分のペースで学習できるように詳細に分割されています。
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